Günümüze Sirkehane adıyla ulaşmış olan müze binası 19.yy sonları ile 20.yy başları arasında inşa edilmiştir.Sahipleri hakkında tüm araştırmalara rağmen bilgi alınamamıştır.


    1943 yılında T.C.Maliye Hazinesi'ne devrolan yapının arka kısmı 1960'lı yıllarda E.Ü Ziraat Fakültesi Gıda ve Fermantasyon Teknolojisi Kürsüsü tarafından sirke ve turşu üretim yeri olarak, ön kısmı ise lojman olarak kullanılmıştır.


    1990 yılında T.C. Maliye Hazinesi'nden Ege Üniversitesi'ne trampa yolu ile geçen Sirkehane, 1990'lı yıllara kadar konut olarak hizmet vermiştir. Son yirmi yıllık süreç içinde büyük bir bölümü yıkılmış olan bina 2010 22.06.2010 tarihinde tamamlanan yenileme sonucunda "E.Ü. Balkanlar ve Anadolu Giysileri Müzesi" olarak faaliyete geçmiştir. Kültür Bakanlığına başvurulmuş ve Bakanlık denetiminde özel müze olarak açılmasında sakınca olmadığı belirtilmiş ve 02.11.2010 tarihinde onaylanarak özel "EGE ÜNİVERSİTESİ ETNOGRAFYA MÜZESİ" adını almıştır.